Как понять, что "гости" точно приедут:
слишком низкие зарплаты в вашей компании (ниже, чем в среднем по отрасли);
слишком низкая налогооблагаемая база;
чрезмерное количество убытков или высокий рост расходов по сравнению с доходами;
заключение сделок с фирмами-однодневками (только доказанные факты).

Что точно не надо делать:

Пускать всех подряд вас проверять
Потом может выясниться, что в составе приехавших были "левые" личности, которые вообще не уполномочены никакие проверки проводить. Сверьте список лиц, указанных в решении о выездной проверке, с теми, кто в реальности к вам приехал. При несоответствии вы имеете право не пускать проверку.

Оставлять на самотек передаваемые проверяющим документы
Иногда инспектор специально показывает свою некомпетентность и несерьезность, благодаря чему сотрудники проверяемой компании теряют бдительность в ходе проверки. И перестают тщательно контролировать документы, которые передают налоговикам, как и свои ответы на вопросы проверяющих.

А в итоге эти самые проверяющие получают всю информацию, которая им нужна — и даже больше, чем надо.
Заранее назначьте ответственное лицо, через которое и будет проходить передача. Контролируйте процесс. Составьте опись передаваемых документов, чтобы исключить их потерю в дальнейшем.

Забывать при выемке документов про мотивированное постановление должностного лица, проводящего проверку
Выемка документов вовсе не означает обыска или изъятия всех бумаг подряд в любое время суток. Выемка осуществляется в присутствии налогоплательщика с участием минимум двух понятых.

Умалчивать обо всех зафиксированных правонарушениях
С каждым зафиксированным нарушением увеличивается вероятность успеха при обжаловании результатов проверки. Поэтому при обнаружении очередного такого нарушения не начинайте скандал, а фиксируйте всё в деталях, требуйте занести в документы по итогам проведения проверки. И не подписывайте их до тех пор, пока это не произойдёт.